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如何選擇合適的離子對搞定oligo雜質(zhì)?

更新時間:2025-06-06點(diǎn)擊次數(shù):157

如何選擇合適的離子對搞定oligo雜質(zhì)?


2023年8月22日,小干擾RNA(siRNA)降膽固醇藥物英克司蘭鈉注射液(樂可為®,Inclisiran)在遞交新藥申請9個月后獲NMPA批準(zhǔn)上市,為中國心血管疾病患者的長期血脂管理帶來了前沿、依從性更高、更便捷的治療方案。

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圖1. 英克司蘭的結(jié)構(gòu)[1]



英克司蘭是一種硫代修飾的寡核苷酸,將原有磷酸鍵中一個非橋連的氧原子用硫原子來置換。加入硫代磷酸酯鍵后寡核苷酸的穩(wěn)定性更好,能抵抗核酸酶的降解,因此有效地增加了寡核苷酸在細(xì)胞環(huán)境中的半衰期。雖然寡核苷酸的穩(wěn)定性得到增強(qiáng),但引入每個硫代磷酸酯鍵都會引入一個手性中心,因此含n個硫代修飾的寡核苷酸理論上存在 2? 種立體異構(gòu)體(如20-mer硫代寡核苷酸可能有上百萬種異構(gòu)體)。



硫代寡核苷酸在液相色譜分析中常出現(xiàn)峰展寬現(xiàn)象,推測是由于理化性質(zhì)上存在的細(xì)微差異會導(dǎo)致非對映異構(gòu)體在色譜柱固定相上得到部分分離,所以硫代磷酸酯寡核苷酸的色譜峰比其天然(磷酸二酯)對應(yīng)物的色譜峰寬[2]。

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在一些文獻(xiàn)中,我們也可以看到有一些規(guī)律[3],圖2是相同的核酸序列,不同硫代個數(shù)的寡核苷酸樣品,在不同的離子對試劑條件下的峰形對比。對于弱的離子對試劑,非對映異構(gòu)體的分離更加明顯,而對于強(qiáng)的離子對系統(tǒng)則表現(xiàn)出抑制效果。因此學(xué)者假設(shè)非對映異構(gòu)體的分離是由于與C18固定相的疏水相互作用造成的,在使用親水性烷基胺的離子對反相液相色譜中,低濃度的ACN時更為明顯。強(qiáng)的離子對試劑需要高濃度的ACN來洗脫寡核苷酸,這導(dǎo)致非對映異構(gòu)體的分離減少。一些相關(guān)實(shí)驗(yàn)同時也表明,PS寡核苷酸峰的寬度大于所有IP系統(tǒng)中的PO寡核苷酸。


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圖2. 同一序列的21聚體寡核苷酸的分離(1-無硫代;2-一硫代;3-二硫代;4-四硫代;5-六硫代)在可比較的時間窗口(保留時間約10分鐘)內(nèi)實(shí)現(xiàn)寡核苷酸洗脫的峰形對比。


針對上述現(xiàn)象,本文開發(fā)一種色譜條件能夠抑制硫代磷酸酯寡核苷酸非對映異構(gòu)體的峰展寬,同時使全長硫代磷酸酯寡核苷酸(n)和其序列長短異構(gòu)體(n+1和n-1)以及硫代不異構(gòu)體得到良好的分離,參見圖3和圖4。


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圖3. AS鏈以及其失敗序列的單標(biāo)疊圖(深藍(lán)色:AS-1nt;;淺藍(lán)色:AS-1S;黑色:AS;綠色:AS+1nt)


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圖4. SS鏈以及其失敗序列的單標(biāo)疊圖(深藍(lán)色:SS-1nt;;淺藍(lán)色:SS-1S;黑色:SS;綠色:SS+1nt)





采用Phenomenex的BioZen Oligo 是一種專為寡核苷酸分析設(shè)計的色譜柱,除了擁有了先進(jìn)的核-殼顆粒技術(shù)和有機(jī)硅膠雜化工藝,還引入了BioTi生物兼容性硬件,提高了色譜柱在低進(jìn)樣量分析時的靈敏度和穩(wěn)定性,特別是在處理生物樣品中寡核苷酸的表征和定量時。這種硬件改進(jìn)有助于改善回收率,對于治療性寡核苷酸藥物的研發(fā)和質(zhì)量控制至關(guān)重要。

參考文獻(xiàn)

[1] Oligonucleotide Therapeutics — A New Class of Cholesterol-Lowering Drugs. N Engl J Med. 2017; 376(1):4-7.

[2] Z. Kadlecova, K. Kalíkova, E. Tesarova, M. Gilar, Phosphorothioate oligonucleotides separation in ion-pairing reversed-phase liquid chromatography:effect of ion-pairing system, J. Chromatogr. A 1676 (2022) 463201.

[3] Z. Kadlecov′a, K. Kalíkov′a, E. Tesaˇrov′a, M. Gilar, Phosphorothioate oligonucleotides separation in ion-pairing reversed-phase liquid chromatography: effect of ion-pairing system, J. Chromatogr. A 1676 (2022) 463201




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